Đối với các loài sinh vật, để tạo nên các tiểu phân tử chúng cần một hoặc nhiều các enzym chuyên biệt, điều này ít phổ biến ở các động vật có xương sống, nhưng rất phổ biến ở các vi khuẩn sống dưới đất (như streptomyces) và các loại nấm, thường tiết ra các chất kháng sinh.

Các loài thực vật cũng có nhiều các loại chất chuyển hóa thứ phát, đóng vai trò trong tín hiệu tế bào, làm sắc tố hay để bảo vệ, trong đó nhiều chất đã được dùng để làm thuốc (thuốc chữa bệnh và thuốc giải trí) như:

• Alkaloid
• Glycoside
• Lipid
• Flavonoid
• Peptide không ribosome như actinomycin-D
• Phenazine
• Phenol
• Polyketide
• Terpene, bao gồm steroid
• Tetrapyrrole.